На территории Камбоджи Меконг вместе с притоками образует разветвленную сеть рукавов и каналов, пригодных и очень удобных для судоходства, которое не прекращается в течение всего года.

Выше города Кратьэх регулярное судоходство нарушается многочисленными порожистыми участками. Таким образом, бесперебойная навигация на этой реке возможна на протяжении 700 км, а в половодье – на 1600 км.

Помимо этого, 350-километровый участок до Пномпеня удобен для морского судоходства. Питание Меконга и его притоков осуществляется за счет выпадающих осадков, поэтому во время обильных муссонных дождей уровень воды в нижнем течении главной реки и впадающих в нее водных артериях значительно повышается (до 10–15 м).

В этот период, длящийся с июня по октябрь, изменяется естественное направление движения вод Меконга: по реке Тонлесап они двигаются к озеру Тонлесап, выполняющему функцию естественного водохранилища.

В этот период жители Камбоджи (кхмеры) отмечают праздник возвращенных вод, который проходит очень весело. В долине Меконга много крупных заболоченных участков и небольших озер, играющих важную роль в регулировании стока реки.

 Эти водоемы сообщаются с Меконгом при помощи естественных или искусственно созданных каналов. Во время летне-осеннего паводка речные воды, несущие много взвешенных частиц, заливают обширную равнину, а излишек воды поглощается озерами, в период спада вода возвращается из озер обратно в Меконг.

Во время разлива долина реки на расстоянии 2 км от русла покрывается слоем плодородного ила, пригодного для выращивания ценных сельскохозяйственных культур.

 Так, разлив Меконга регулирует время посадки различных сортов риса: в период затопления в прибрежных районах высаживают рис дождливого сезона, или срыу восса, а также плавающий рис, если подъем уровня воды происходит не очень быстрыми темпами.

Спад воды сопровождается посадкой риса сухого сезона, или срыу пранг. Кроме того, речные разливы создают благоприятные условия для рыболовства: в период паводка рыба через каналы попадает в озера, где имеются все условия для нереста, в результате ко времени спада воды эти естественные водоемы превращаются в богатые рыбные угодья.