Наступает дисфункция, искажение нормальной работы органа, иначе говоря – аритмия. При бронхиальной астме, например, аритмия проявляется в одышке, удушье. При заикании – нарушении ритма речи – возникают судороги в мышцах лица, языка, шеи. Эти судороги – результат ненормальной, аритмичной работы речевого центра, расположенного в головном мозге.
Еще сильнее сказывается на биоритмах заболевание человека. У больных атеросклерозом, например, организм неверно измеряет время: естественная периодичность многих функций меняется, ритм пропадает или сильно искажается. 

У людей со скрытой фазой атеросклероза меняется суточный ритм жирового обмена: во второй половине дня и особенно ночью в крови начинают накапливаться вредные фракции жирового комплекса, повышается свертываемость крови. Поэтому именно вечерами и ночью создается угроза закупорки (тромбоза) сосудов сердца и мозга.
Выявлено, что при сдвиге ритмов жизни (в результате изменения режима дня и т. п.) заметно чаще возникают заболевания желудка, поджелудочной железы, печени и кишок – например, гастриты, язвы, холециститы, панкреатиты. Гипертоническая болезнь в последнее время также рассматривается как проявление десинхроноза. 

Инфаркты миокарда, которые статистически чаще возникают по ночам, в какой-то мере становятся следствием рассогласования биоритмов (накопление жировых продуктов в крови, нарушение энергетического баланса сердечной мышцы, превалирование определенного типа нервной регуляции, изменение свертываемости крови и др.).
У больных стенокардией наивысшая точка ритма (акрофаза) сердечной деятельности смещается на дневное и вечернее время.
В норме же у здоровых людей сердцебиение чаще в предвечерние часы (после 18 ч), а наиболее редкий пульс – под утро, между 3 и 4 ч. Больше всего энергетических веществ с кровью мозг получает в 18—20 ч, меньше всего питания требуется ему ночью. Дважды в сутки – около 13 и 21 ч – интенсивность кровоснабжения снижается, поступление крови в органы и ткани уменьшается и в результате ощущается сонливость, ухудшается умственная деятельность, падает производительность труда.
Как в механических часах каждое колесико определенным образом связано с другим, так и в биочасах одна система организма тесно зависит от другой. Особенно наглядно это проявляется в деятельности нервной и эндокринной систем.

 Последняя, как известно, представлена железами внутренней секреции. Как же регулируется работа этих важнейших органов, имеющих каждый свою ритмику?
Механизм такой регуляции следующий. Свет через сетчатку глаза раздражает нервные окончания, возбуждает срединные структуры мозга (гипоталамус), затем действует на шишковидную железу – гипофиз, который в свою очередь посылает сигнал готовности корковому слою надпочечников, поджелудочной, щитовидной и половым железам. В кровь поступают гормоны – адреналин, норадреналин, тироксин, тестостерон. 

Они соответствующим образом раздражают нервные окончания, заложенные в сосудах, мышцах, клетках. Отсюда система нейрогормональных механизмов получает по обратной связи сигналы о состоянии и работе различных органов.

 В результате циркадной ритмикой оказываются охвачены клетки и ткани всего организма, а сам он выступает как единое сложное образование, регулируемое центральной нервной системой.
Это касается не только суточного, но и в не меньшей степени околомесячного и сезонного циклов деятельности организма.
Еще в XVII в. известный в те времена врач Санторио отметил, что масса тела мужчин в существенных пределах колеблется на протяжении месяца. Замечено также, что скорость роста бороды и волос у мужчин согласуется с месячным циклом. У женщин месячный период выражен еще сильнее и отражается практически на всех сторонах деятельности организма. Менструальный цикл сопровождается, как известно, значительными гормональными сдвигами, что сказывается на ряде физиологических, психологических и поведенческих реакций и, конечно, на трудоспособности.