Второе название вида «миндоренский крокодил» – по названию острова Миндоро (Филиппины).
Численность сокращается на протяжении всего ареала. Раньше встречался на всей территории Филиппин. Ныне филиппинский крокодил обитает на Филиппинах: на островах Бузуанга, Джоло, Лузон, Масбат, Минданао, Миндоро, Негрос, Самар.
Предпочитает пресные водоемы, населяет разнообразные пруды, озера, болота. Во время кочевок может заходить в реки, иногда встречается и на побережье.
Это мелкий крокодил: самцы не вырастают более 3 м, самки мельче. Морда широкая, спина покрыта прочным панцирем из костных щитков. 

Внешне очень похож на новогвинейского крокодила. Окраска буровато-серая с темными поперечными полосами на теле и хвосте, которые особенно отчетливы у молодых особей.
Ведет ночной образ жизни, днем отсиживается в убежищах. В рацион входят большинство водных беспозвоночных, рыба, амфибии. Иногда охотится на водных птиц, добывает на водопоях мелких млекопитающих.
Сезон размножения приурочен к сезону дождей. После спаривания самка строит гнездо небольших размеров (1,5 м в ширину и 0,5 м в высоту), в которое откладывает 7–20 яиц. Самка охраняет гнездо от хищников на протяжении всего периода инкубации (чуть меньше 3 месяцев), помогает детенышам выбраться из яиц, но дальнейшего участия в их судьбе не принимает. Смертность среди молодняка очень высока, и только 1–2 % особей становятся половозрелыми.
Ареал филиппинского крокодила совпадает с ареалом многочисленного гребнистого крокодила, за который местные жители иногда принимают филиппинского крокодила. Пока еще не действуют эффективные правительственные программы по охране этого вида. Относится к охраняемым видам, внесен в Красную книгу IUCN. 

В 1992 г. популяция филиппинского крокодила насчитывала порядка 1000 особей. В 1995 г. было достоверно известно только о 100 взрослых особях. Молодых при подсчете в расчет не принимали, потому что процент выживаемости их в природе весьма низкий. В настоящее время популяция оценивается в 200 особей. Находится на грани исчезновения из-за небольшого ареала и негативного отношения к ним местных жителей.