Как уже видно из названия, основной ареал этого крокодила расположен на территории Китая. Китайский аллигатор встречается на равнинах Янцзы, Жиангоу, Жейянг, Аньхуа. Наиболее известная популяция обитает на сравнительно небольшой (433 км2) территории национального парка в провинции Аньхуа, очень маленькие популяции – в провинциях Жиангоу и Жейянг.
В пределах ареала китайский аллигатор заселяет в основном стоячие водоемы (озера, пруды, болота), реже селится в медленно текущих реках.

 Если не испытывает притеснения со стороны человека, может поселиться и на территории сельскохозяйственных плантаций, где выращивают зерновые культуры и плодовые деревья. Вот только высоты он не любит и никогда не обитает в водоемах, которые расположены выше 100 м над уровнем моря. В связи со сравнительно суровыми условиями обитания у этого вида крокодилов выработалось довольно оригинальное приспособление. 

Для пережидания неблагоприятных сезонов года – большую часть времени (6–7 месяцев) он проводит в спячке. Для того чтобы не замерзнуть во сне, китайские аллигаторы роют огромные подземные норы (глубиной до 5 м) со сложной системой сообщающихся камер. Даже в самые суровые зимние месяцы температура в норах не опускается ниже 10 °C, что позволяет аллигатору благополучно пережить зимовку.
Китайский аллигатор – сравнительно небольшой крокодил, его длина редко превышает 2 м, а средний вес – 20 кг (редко достигает 40 кг).

 В старинной китайской литературе встречаются описания более крупных 3и даже 4-метровых аллигаторов, но до наших дней такие гиганты не дожили. Молодые аллигаторы окрашены очень красиво. Общий фон тела аспидно-черный, на котором выделяются скрещивающиеся полосы канареечного цвета. На верхних веках у китайского аллигатора имеются своеобразные костные щитки, предохраняющие глаза от повреждений. Этими щитками он отличается от родственного вида – миссисипского, или щучьего аллигатора ( A. mississippiensis), у которого подобной защиты нет. Конец морды у китайского аллигатора слегка вздернут вверх, зубы очень мощные и крепкие. Как и все настоящие аллигаторы, имеет костную перегородку в обонятельной полости, но костный брюшной панцирь отсутствует.
Период активности у китайского аллигатора включает все теплое время года (с апреля по октябрь). Охотится он в основном в ночное время, основная добыча – рыба и водные моллюски. Своими мощными зубами аллигатор щелкает крепкие панцири, как орехи, доставая нежное мясо. Довольно редко нападает на теплокровных животных, например уток и крыс.
Как и другие небольшие крокодилы, китайский аллигатор быстро растет и рано (в возрасте 4–5 лет) достигает половой зрелости. 

Брачный сезон у них приходится на летнее время, гон происходит преимущественно ночью. После окончания сезона размножения (в июле—августе) самки сооружают небольшие гнезда из прибрежной растительности, куда и откладывают 10–50 яиц. Молодые крокодилы вылупляются из яиц примерно через 10 недель. 

Поскольку китайский аллигатор преимущественно ночное животное, наблюдать за ним сложно, и до сих пор не выяснено, существует ли у этого вида забота о потомстве.
Относительно небольшая величина кладки (в среднем 20 яиц) говорит о существующей все-таки заботе, иначе наблюдался бы слишком большой процент гибели молодых животных, что отрицательно сказалось бы на численности вида.
В китайской мифологии аллигатор занимает почетное место, олицетворяя собой речного дракона. Однако это не способствовало выживанию вида во многих провинциях, своих «речных драконов» местные жители нещадно истребляют. Часто этих крокодилов преследуют как вредителей сельского хозяйства, так как, поселяясь на полях, они своими мощными норами нарушают дренажную систему и разрушают дамбы. Предъявляют им обвинения и в пропаже домашних уток. Но все же главная причина сокращения численности китайских аллигаторов – это сокращение пригодных местообитаний в связи с хозяйственной деятельностью человека.
Хотя китайский аллигатор ведет скрытый образ жизни, большую часть времени проводя в подземных норах, их появление на поверхности вызывает у населения суеверный страх. В то же время на рептилий активно охотятся, так как многие внутренние органы аллигаторов используются китайской медициной и являются объектом торговли. Мясо аллигаторов официально подается в ресторанах в качестве деликатеса.
Численность китайских аллигаторов стремительно уменьшается. Долгое время самой крупной популяцией этих животных считалась популяция, обитающая в национальном парке Анхуи. Ее оценивали в 500 особей, однако тщательные исследования, проведенные в 1999 г., показали, что на самом деле в парке обитает не более 150 особей.

 Кроме дикой популяции, в парке обитает и более 10000 особей китайских аллигаторов в вольерах. Но и для них уже нет места, поскольку провинция Анхуи считается одной из самых многолюдных, так как на сравнительно небольшой территории проживает порядка 1000000 человек.
Кроме национального парка Анхуи, китайских аллигаторов в условиях неволи содержат еще в 26 заповедниках, но их площади очень малы и не могут вместить большого количества животных. Первые попытки возврата выращенных аллигаторов начались только в 2003 г., об их результатах говорить еще рано. 

Существуют центры по разведению китайских аллигаторов в странах Европы и в США.
Этот вид аллигаторов является особо охраняемым видом и внесен в Красную книгу IUCN. Величина дикой популяции китайских аллигаторов катастрофически низка и оценивается в 200 особей, т. е. вид находится на грани исчезновения.