Ведет ночной образ жизни.
В дневное время укрывается в норах, которые роет в обрывистых берегах. Иногда выходит на поверхность и днем, чтобы погреться на солнце. Во время засухи покидает пересыхающие болота и откочевывает в русло рек.
Крокодил относится к категории мелких или средних. Его максимальная длина не превышает 3,5 м, чаще всего самцы имеют длину 3 м, самки 2,5–2,7 м. Молодые крокодильчики очень похожи на детенышей сиамского крокодила. 

С возрастом это сходство несколько утрачивается, но все равно этих хищников довольно часто путают. Морда очень узкая, вытянутая вперед. Окраска буровато-серая с темными поперечными полосами на теле и хвосте, которые особенно отчетливо выражены у молодых особей.
Новогвинейский крокодил – ночной хищник, и на охоту отправляется только с наступлением сумерек. Львиную долю в рационе занимает рыба, кроме того, он часто питается земноводными, ракообразными, охотится на водных птиц и мелких млекопитающих. Молодые крокодилы питаются водными беспозвоночными и насекомыми.
Половой зрелости крокодилы достигают в возрасте 7– 10 лет, самки при длине 1,6–2 м, самцы – 2,5 м. В это время эти обычно одиночные рептилии собираются в группы, брачные игры сопровождают ритуальными турнирами и «песнями». В период размножения самки строят гнезда, через 2 недели после спаривания они откладывают яйца. У новогвинейских крокодилов имеются довольно серьезные различия в особенностях размножения между северной и южной популяцией вида. Самки из северной популяции имеют в кладке 22–45 яиц, которые откладывают в период засухи по берегам рек или на дрейфующие острова растительности. Самки южной популяции откладывают яйца с наступлением сезона дождей, кладки меньше, а яйца крупнее размером. И в том и в другом случае самец и самка остаются рядом с гнездом до вылупления детенышей, которое происходит обычно через 3 месяца после начала инкубации. Родители вместе помогают детенышам выбраться из гнезда и сопровождают к ближайшему водоему, где они находятся под опекой еще несколько месяцев.
Кожа новогвинейского крокодила спросом не пользуется, но неконтролируемая охота и добыча яиц и детенышей для продажи в 1950–60-х гг. привели к истреблению вида, и с 1970-х гг. правительство принимает ряд мер по защите новогвинейского крокодила. Особого успеха достигли в восстановление численности крокодилов на территории Индонезии. Благотворно сказались на численности индонезийской популяции большие площади, пригодные для обитания и низкая плотность расселения людей. В настоящее время ее численность уже приближается к первоначальной.
Новогвинейский крокодил является охраняемым видом, включен в Красную книгу IUCN. Популяция оценивается в 50000–100000 особей и считается стабильной.