Наверное, не стоит и говорить, как важна уборка террариума, так как при антисанитарных условиях ваш питомец вполне может подхватить какое-либо заболевание, и вы еще намучаетесь, путешествуя с ним по ветеринарным лечебницам. 

Убирать террариум необходимо ежедневно, желательно в одно и то же время, чтобы животное привыкло к этой процедуре и не особенно беспокоилось. 

Очень важно следить, чтобы в террариуме не оставались кусочки несъеденной пищи и экскременты, которые во влажной атмосфере быстро загнивают. Они являются источником неприятного запаха, а проглотив кусочек гнилого мяса, ваш питомец может просто-напросто отравиться (и не стоит вспоминать, что в природных условиях они поедают падаль: во-первых, это делают далеко не все крокодилы, а, во-вторых, риск заражения изнеженного домашнего животного всегда на порядок выше, чем дикого).
Особенно тщательно следите за состоянием воды в бассейне. Если у вас нет мощных фильтров и не предусмотрена постоянная смена воды, менять ее следует, не дожидаясь полного загрязнения. Достаточными причинами для смены воды являются слабый гнилостный запах и образование на поверхности воды тонкой радужной пленки из микроорганизмов. 

Предметы декоративного оформления террариума (коряги, камни, листья растений) необходимо промывать теплой водой. В этом вам очень помогут специальные приборы, которые должны входить в оснащение каждого террариума. Купить их можно в специализированных магазинах, и они значительно облегчат вашу жизнь во время уборки.

 Для ухода за террариумом вам будет нужно следующее оборудование: пинцеты, различной длины, ножницы, сачок из плотной ткани для ловли животных, щетки для чистки террариумов, совок, пульверизатор для опрыскивания, емкости для хранения кормов, ванночки разного размера, мерная химическая посуда.
Кроме ежедневной уборки террариума и замены воды, которая происходит в среднем 1–2 раза в неделю, обязательно нужно проводить и ежемесячную генеральную уборку. Для этого просто необходимо иметь дополнительную емкость или, на худой конец, большой мешок из плотной ткани, куда крокодила пересаживают на время уборки.

 Помните, что если вам нужно зафиксировать крокодила, чтобы достать из террариума, то лучше фиксировать животное на суше, так как в воде крокодилы намного подвижнее. При фиксации челюстей крокодила в сомкнутом состоянии их обматывают веревкой или лейкопластырем. При использовании веревки часть ее нужно несколько раз обмотать на шее крокодила за головой, чтобы она не соскользнула с морды. Отсадник закрывают крепкой крышкой (не забудьте про вентиляцию), а полотняный мешок плотно завязывают.
При генеральной уборке террариума, кроме полной замены воды, проводится и замена грунта. Стенки террариума и все декоративные элементы тщательно моют с применением дезинфицирующих средств, затем ополаскивают чистой водой. 

Желательно не использовать химических веществ. Для дезинфекции вполне подойдет слабый раствор марганцовокислого калия розового цвета. Процесс генеральной уборки вполне можно совместить с процедурой облучения вашего питомца люминесцентными лампами, если у вас предусмотрен специальный бокс для этих целей. 

Пока животного нет в террариуме, рекомендуется проверить эффективность работы всех приборов, устранить малейшие неисправности. Особенно тщательно следите за изоляцией – слишком уж часто молодые крокодилы жуют несъедобные предметы.